Papst Eugen III. erließ im Dezember 1145 mehrere Kreuzzugbullen, aber das Interesse der Menschen hielt sich in Grenzen, sogar König Ludwig II. von Frankreich, der in einer der Bullen persönlich aufgefordert wurde nach Palästina zu ziehen hielt sich noch zurück etwas zu unternehmen. Bernhard von Clairvaux war derjenige der die Massen mobilisierte und, nach seiner berühmten Rede am Ostertag des Jahres 1146, sie das "Kreuz nehmen" ließ (so hieß es wenn man in den Kreuzzug zog). So hatte sich viele Menschen auf dem Weg gemacht, deren fast einzige Bewaffnung ihr religiöser Fanatismus war, und die nur in den seltensten Fällen eine militärische Ausbildung besaßen. Dieser auch noch völlig unkontrollierte Haufen von Menschen zog über den Landweg, da die einfachen Leute es sich nicht leisten konnten den Seeweg zu nehmen.

Auch die Templer bereiteten sich vor und am 27. April 1147 kamen 130 Ritter unter dem Vorsitz von Eberhard von Bares, dem Meister von Frankreich zusammen. Auch Papst Eugen III. war anwesend und gewährte den Templern das Recht das rote Tatzenkreuz immer auf dem Mantel zu tragen, um zu zeigen, dass sie sich auf einem permanenten Kreuzzug befanden.

Das schlecht organisierte und undisziplinierte Kontingent der Kreuzfahrer, das auf dem Landweg reiste, war eine leichte Beute für die angreifenden Türken. Die Templer begannen die Verteidigung zu organisieren und nur ihrem Eingreifen ist es zu verdanken, dass doch noch ein Großteil des Heeres gerettet wurde. Dies gelang ihnen einerseits weil sie zu den wenigen Berufssoldaten gehörten, und folglich wußten was zu tun war, andererseits weil sie großes Ansehen unter den Menschen genossen, die die Ritter wegen ihrer militärischer Fähigkeiten als auch wegen der Heiligkeit ihrer Mission verehrten. Doch auch die Templer konnten nicht verhindern, das der zweite Kreuzzug zu einem wahren Desaster wurde. Bei dem unüberlegten Angriff auf die Stadt Damaskus, die sich bis dahin neutral verhalten hatte, kam es zu einer schweren Niederlage der Christen. Nach der Niederlage kam es zu gegenseitigen Beschuldigungen und auch die Templer blieben nicht verschont. Doch sie fanden Hilfe von Seiten des Deutschen Kaisers und des französischen Königs, der sowohl ihre militärische als auch ihre finanzielle Hilfe pries.

Nach dem Tod von Zengi trat dessen Sohn Nureddin sein Erbe an und entwickelte sich bald zum noch gefährlicheren Gegner als sein Vater. Im Jahre 1162 wurde Amalrich, der Bruder des früheren Königs Balduin III, den die Templer in seinen Machtstreitigkeiten mit seiner Mutter Melisende unterstützt hatten, neuer König von Jerusalem. Amalrich unternahm 1163 einen Feldzug gegen Ägypten. Kairo war zu dieser Zeit Schauplatz von Streitigkeiten unter den Wesiren Schawar und Dargam, die in Wirklichkeit an Stelle des eigentlichen Kalifen, herrschten. Die Franken wurden in die Streitigkeiten mit einbezogen und es kam zu einer Reihe von Bündnissen und Gegenbündnissen, die so schnell wie sie geschlossen wurden auch wieder gebrochen wurden. Während die Truppen von Amalrich in Ägypten beschäftigt waren, hatte Nureddin genug Zeit mehrere Städte zwischen Tripolis und Antiocha zu erobern. Die folgenden Jahre waren geprägt von Streitigkeiten innerhalb der Christen um den Thron von Jerusalem als auch von verschiedenen Kämpfen gegen die Ungläubigen, wobei sich die Templer durch geschickte Bündnisse hervortaten. Am 4.Juni 1187 kam es zu einer schweren Niederlage für die Christen bei Hattin, obwohl sie ihre gesamte Heeresmacht aufgeboten hatten, sowie die Armeen der Templer und der Hospitaliter, gehörte der Sieg dem Sultan Saladin. Nicht genug damit, dass sich die Templer mit einer Niederlage begnügen mussten, kam noch die Schande über das Verhalten ihres Großmeisters Gérard de Ridefort hinzu : Die Templer, die die Schlacht überlebt hatten, zogen es vor lebendig enthäutet zu werden als ihrem Glauben abzuschwören und starben wie man es von einem ehrenvollen Templer erwartet hatte. Nur der Großmeister, der von Saladin gefangen genommen worden war, zog es vor am Leben zu bleiben und befahl der Templerbesatzung von Gaza die Festung an Saladin zu übergeben. Die Templer mußten ihrem Großmeister gehorchen obwohl dies ein schwerer Verstoß gegen die Regeln des Ordens bedeutete, denn es war strikt verboten sich aus der Gefangenschaft freizukaufen und so Schande über den Orden zu bringen. Im selben Jahr eroberte Saladin noch Jerusalem und versklavte die Bevölkerung. St. Jean de‘ Acre wurde die neue Hauptstadt des Königreiches Jerusalem und auch der Großmeister der Templer zog es vor in die sichere Stadt zu übersiedeln. Das Ansehen der Templer hatte sehr unter 

dem Verhalten von Gérard de Ridefort gelitten und auch der Vorwurf sie hätten nicht genügend Geld zu Verfügung gestellt um die Bewohner Jerusalems freizukaufen, trug nicht gerade dazu bei, ihr Ansehen zu stärken. Doch wie hätten sie das Geld für Zivilisten zur Verfügung stellen können, wenn die Ordensstatuten ihnen nicht einmal erlaubten den eigenen Großmeister freizukaufen ? Außerdem war der Templerorden nie so an der Sache der Bedürftigen interessiert wie die Johanitter.In Europa saß der Schock über den neuerlichen Verlust der Heiligen Stadt tief und der Kreuzzuggedanke lebte wieder auf. In England sowie in Frankreich wurde eine neue Steuer erhoben um den Kreuzzug zu finanzieren : der sogenannte Saladinszehnte. Doch die Kreuzfahrer ließen auf sich warten. Friedrich Barbarossa war zwar im Mai 1189 aufgebrochen, doch er kam auf der Reise um, und auch Richard Löwenherz brauchte lange um Jerusalem zu erreichen. Im Juni 1191 traf er in Akkon ein und beteiligte sich an der Belagerung. Im September des selben Jahres gewannen die Christen endlich wieder eine Schlacht, was die Moral deutlich hob. Nach einer erneuten Diskussion um den Thron von Jerusalem schloß Richard mit Saladin einen Friedensvertrag im August 1192, da die Templer als auch die Hospitaliter es abgelehnt hatten die Stadt Jerusalem zu belagern, da es sich als unmögliches Unterfangen erweisen würde sie, selbst bei einem unwahrscheinlichen Sieg, zu halten. Wieder kam das Glück zu den Christen und Saladin starb 1192, doch das eigentliche Ziel des Kreuzzuges, die Wiedereroberung Jerusalems war nicht gelungen. Richard Löwenherz bat die Templer darum sich wie sie kleiden zu dürfen, um bei der Heimfahrt unerkannt zu bleiben. Er fürchtete einen Angriff des mit ihm befeindeten Stauferkaisers, doch er wurde trotzdem in der Nähe von Wien erkannt, und vom österreichischen Herzogs Leopold dem Vertreter des Stauferkaisers, festgenommen, und erst nach der Zahlung eines riesigen Lösegeldes freigelassen.

Die einzige wirkliche Errungenschaft des dritten Kreuzzuges war die Anerkennung des Deutschherrenordens 1198.