Nach dem Fall von Akkon 1291 wurde Zypern zum neuen Templerdomizil. Erst nach zwei Jahren trat der Orden mit ihrem neuen Großmeister Jaques de Moley wieder an die Öffentlichkeit um für einen neuen Kreuzzug zu werben. Doch der Vorschlag wurde nicht angenommen, die Zeit der Kreuzzüge war endgültig vorbei. Die Templer versuchten in Zypern ähnliches wie die Deutschherren in Preußen, die dort einen eigenen Staat errichtet hatten, und die Johanniter, die auf Rhodos ein selbständiges Fürstentum geschaffen hatten, doch durch die sich verschlechternde Lage in Europa gelang dies den Templern nicht. Nach dem Fall von Jerusalem begannen die weltlichen und geistigen Würdenträger laut darüber nachzudenken, ob man denn noch mehrere Ritterorden brauchen würde. Die Idee die Orden der Templer und der Johanniter zu einem Orden zusammen zu legen kam auf. Diese Idee stieß bei den sich dauernd konkurrierenden Orden auf Ablehnung. Jaques de Moley schrieb 1305 auf Anfrage des Papstes Clemens V. ein Gutachten indem er Für und Wider des Zusammenschlusses abwog, und, wie zu erwarten, die Idee verwarf. Doch die viel schlimmeren Problem die auf den Templerorden zukommen sollten nahmen schon ihren Lauf. Die Personen, die beim Ende des Ordens eine gewichtige Rolle ausüben sollten waren Philipp IV. genannt "Philipp der Schöne" von Frankreich, sein Berater Nogarat und Papst Clemens V. Eine kurze Biographie dieser Personen wird die Verbindungen und Abhängigkeiten in denen diese Personen untereinander standen erläutern:

Philipp war der Enkel von Ludwig des Heiligen und Sohn von Philipp III., der sich während des Interregnums nach dem Tod Richards von Cornvall um die deutsche Kaiserwürde bemühte. Doch da der Papst eine Machtkonzentrierung von Frankreich und Deutschland fürchtete, bestätigte Gregor X. die Wahl Rudolfs von Habsburg als neuen deutschen Herrscher. Erst nach dem Tode von Philipp III sollte der Konflikt zwischen dem Papsttum und Frankreich richtig zum Vorschein treten. Philipp der Schöne war zwar ein frommer aber machtbesessener Mann. Frankreich mischte sich einerseits immer mehr in kirchliche Angelegenheiten, doch das Papsttum war auch darauf aus das königliche Regalrecht zu beschränken, wenn nicht gar zu beseitigen.

Schon bald geriet Philipp der Schöne mit Papst Bonifaz VIII in Streit. Mit der Bulle "Clericis laicos" verbot der Papst 1296, dass Geistliche ohne päpstliche Erlaubnis irgendwelche Gaben an Laien entrichten. Darauf antwortete der französische König mit einem Ausfuhrverbot für Geld und Wertsachen, womit er den päpstlichen Finanzen einen bedeutenden Schlag versetzte.

1300 verkündete Bonifaz das erste Jubeljahr der Geschichte. Dieser Rausch des ersten Heiligen Jahres verführte nun Bonifaz VIII. , Schein und Wirklichkeit zu verwechseln und 1301 von Philipp dem Schönen die sofortige Freilassung des wegen Hochverrates verurteilten Bischofs von Pamiers zu verlangen. Mit der Bulle "Ausculta fili" zitierte er sogar den König zur persönlichen Verantwortung vor ein römisches Konzil. Philipp verhinderte nun nicht nur die Veröffentlichung dieser echten Bulle, sondern ließ sie gegen eine gefälschte austauschen und diese unter das Volk bringen zusammen mit einer Antwort an den Papst, die lautete:" Philipp an Bonifaz keinen Gruß! Deine Dummheit möge wissen, dass wir in weltlichen Dingen niemand unterstehen... Die anderes glauben, sind Narren." Da erließ Bonifaz VIII am 18.November 1302 die berühmte Bulle "Unam sanctam". Nach dieser Bulle gibt es nur eine Kirche und außer ihr kein Heil. Ihr einziges Haupt ist Christus, der durch seinen Stellvertreter Petrus und dessen Nachfolger wirkt. Beide Schwerter, das geistliche und das weltliche, gehören der Kirche. Als sich Bonifaz dann noch anschickte, den französischen König zu exkommunizieren, ließ ihn dieser durch seinen Kanzler Wilhelm Nogaret im September 1303 in Anagni überfallen und gefangen nehmen. Philipps Einfluss ist es auch hauptsächlich zu verdanken, dass Bertrand de Got zum Papst gewählt wurde.

Philipps Einfluss auf den Papst war enorm, denn nur durch ihn gelangte der Papst als solcher an die Macht, und war ihm deshalb ein Leben lang zu Dank verpflichtet.

Er war der Ratgeber Philipps und hatten ihn bereits beim Attentat von Anagni unterstützt, indem er Papst Bonifaz VIII. gefangen nehmen ließ und so auch einiges zu dessen Tod beigetragen hatte. Außerdem hatte Nogaret einen ausgesprochenen Hass gegen die Templer, die seinen Großvater einst als Katharer entlarvt und der Inquisition ausgeliefert hatten. Er war dafür berühmt ein ausgezeichneter Staatsanwalt und Jurist zu sein, der Zeugen aus dem Nichts zu zaubern verstand . Auch sein Ruhm als großer Kirchenhasser eilte ihm voraus und er war oft schon gebannt worden.

Nach dem Tode Benedikts XI. dauerte der Kampf zwischen franzosenfreundlichen und bonifazianischen Kardinälen um den Papststuhl elf Monate. Schliesslich wurde Bertrand de Got Erzbischof in Bordeaux .

Diese Wahl war wohl die folgenschwerste der ganzen Papstgeschichte, denn mit ihr begann der Aufenthalt der Päpste in Avignon. Clemens V., der aus Südfrankreich stammte, war ein gefügiges Werkzeug in den Händen des französischen Königs. "Er studierte die Rechte an der Universität von Bologna, welche die hohe Schule des Römischen Rechtes lehrte, das bald überall an die Stelle des mittelalterlichen Feudalrechtes treten sollte. Bisher hatte die Justiz im Dienste der Privilegierten, des Adels und der Geistlichkeit, gestanden. Die Legisten, die neue Generation von Juristen, sahen im alten Rom und in Byzanz das große Vorbild für eine neu zuordnende Welt: eine straffe Zentralgewalt, die alle souverän beherrschte, den Adel genauso wie die Kirche. So war es einst, so sollte es auch wieder werden. Zusammen mit der Einführung des neuen Rechts hielt auch die Folter wieder Einzug in die Methodik der Justiz ; das frühe Mittelalter hatte sie nicht gekannt. Es ist kein Zufall, dass gerade auch Philipp der Schöne seine Minister aus diesen Kreisen holte." In Lyon liess er sich krönen, und in Avignon das damals den Anjous von Neapel gehörte, schlug er ab 1309 seinen Residenz auf. Unter den im Jahre 1305 neuernannten Kardinälen waren neun Franzosen und ein Engländer.

Als der französische König in seiner Rachgier die Einleitung eines Prozesses gegen den verstorben Bonifaz VIII. verlangte, gab der Papst nach, und es kam sogar zu mehreren Zeugenvernehmungen. Nur durch die Preisgabe des Tempelordens und andere Zugeständnisse gelang es Clemens V., im April 1311 die Einstellung des Prozesses zu erreichen. Der französische König verlangte die Aufhebung des Templerordens, dessen riesigen Besitz er sich offenbar aneignen wollte. Unter Druck des Monarchen ließ der Papst die Templer in allen Ländern gefangen nehmen und vor allem in Frankreich unter Anwendung der Folter Geständnisse erzwingen. Auf dem Konzil von Vienne hob der Papst im März 1312 auf dem Verwaltungsweg den Orden auf. Clemens V. starb 1314.